Los fondos de la Fundación para la Innovación Agraria provienen fundamentalmente del Presupuesto Anual de la Nación y son transferidos a través de la Subsecretaría de Agricultura. Adicionalmente, FIA  administra recursos del Fondo de Innovación para la Competitividad (FIC), recibidos a través de la Subsecretaría de Economía.

Estos recursos son entregados, prioritariamente, en forma de cofinanciamiento, a los diversos actores de la agricultura nacional, a través de sus diversos instrumentos de apoyo a la innovación.

Al otorgar financiamiento parcial (cofinanciamiento) a estas iniciativas, FIA estimula a los agentes sectoriales a destinar también un importante monto de recursos al esfuerzo de innovación. Al mismo tiempo, pone en movimiento la capacidad profesional y de la infraestructura sectorial para favorecer la modernización de la agricultura.

Así, mediante la confluencia de recursos públicos y privados, la Fundación busca impulsar el compromiso del sector productivo y empresarial, para garantizar la efectiva materialización de los proyectos y su rentabilidad futura.