Entre las líneas estratégicas 2010-2014 de FIA está el objetivo de incrementar significativamente el número de empresas que innova en las regiones; acelerar la difusión tecnológica y apoyar a los gobiernos regionales en la promoción de la innovación y en la asignación de recursos destinados al desarrollo agrícola y forestal.

Es por ello que desde el 2010, la Fundación ha impulsado un acercamiento con las Secretarías Regionales Ministeriales de Agricultura y sus Comités de Innovación, propiciando la generación de redes entre los participantes de proyectos de innovación.

Además, desde 2009, FIA administra recursos provenientes de los Fondos de Innovación para la Competitividad Regionales (FIC_R). En este marco, en el 2010 se suscribieron convenios con los gobiernos regionales de Antofagasta, Arica, Atacama, Maule y O’Higgins, a los que se sumaron durante el 2011, los firmados con las regiones Metropolitana, Antofagasta, Araucanía, Los Ríos, O´Higgins y Magallanes.

A la fecha, la Fundación mantiene una cartera de 21 iniciativas en ejecución con fondos FIC-R de las regiones de Arica y Parinacota, Antofagasta, Atacama, Valparaíso, O'Higgins, Maule, Araucanía y Magallanes.